九三学社是以科学技术界高、中级知识分子为主的具有政治联盟特点的政党，是接受中国共产党领导、同中国共产党通力合作的亲密友党，是中国特色社会主义参政党。九三学社与五四运动有着深厚渊源。本社创始人积极参加五四运动，深受五四运动影响。抗日战争后期，一批文化教育、自然科学学者继承并发扬五四运动反帝反封建的爱国精神，以民主、科学为宗旨，在中国共产党支持和抗日民族统一战线政策感召下，于重庆发起民主科学座谈会，自然科学座谈会的学者也陆续参加进来。为纪念抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，1945年9月3日，民主科学座谈会召开扩大会议，并更名为九三座谈会。1946年5月4日，改建为九三学社。

1984年4月11日，九三学社齐齐哈尔市委员会受九三学社黑龙江省委员会委托，在黑河地区发展两名九三学社社员，由九三学社齐齐哈尔市委代管，这也是黑河地区最早的社员。1993年9月28日，九三学社黑龙江省委下发九三龙组字【1993】21号文件同意黑河市成立九三学社黑龙江省委黑河直属支社。同时结束九三学社齐齐哈尔代管，由九三学社黑龙江省委直接管理。2000年10月，九三学社黑龙江省委黑河直属支社根据九三学社省委的工作安排和九三学社组织在黑河发展的实际情况（已有社员31人），在报请中共黑河市委同意后，向九三学社省委提交了成立“九三学社黑河市筹备委员会”的请示。同年11月8日，九三学社黑龙江省委下发了九三龙组字【2000】14号文件批准建立“九三学社黑河市筹备委员会”。2000年11月29日，九三学社黑河市第一次社员大会召开，会议选举产生了九三学社黑河市第一届委员会。

2021年12月31日，九三学社黑河市第五次代表大会召开，选举产生了九三学社黑河市第五届委员会。本届委员会选举产生委员11名，主委1名，副主委2名。截至2022年7月，九三学社黑河市委有10个基层组织，4个兼职工作部（组织部、宣传部、参政议政部、社会服务部），1个兼职工作委员会（妇女工作委员会），社员295人，平均年龄42.7岁。

九三学社黑河市委现任主委郭永利，副主委井然，副主委刘俊才（兼），秘书长房红岩。